um 1250
Erste urkundliche Erwähnung
Zöllnitz wird erstmals schriftlich erwähnt. Der Ortsname weist vermutlich auf slawische Siedlungsursprünge hin. Das Dorf entwickelt sich als landwirtschaftlich geprägte Gemeinschaft im Saaletal nahe Jena.
1526
Einführung der Reformation
Im Zuge der Reformation nach den Lehren von Martin Luther wird auch in Zöllnitz der evangelische Glaube eingeführt. Kirchliche Strukturen und das religiöse Leben verändern sich grundlegend.
1618–1648
Dreißigjähriger Krieg
Der Krieg bringt Not, Einquartierungen und Ernteausfälle. Die Bevölkerungszahl sinkt zeitweise deutlich, und viele Höfe leiden unter den Kriegsfolgen.
ab 1880
Industrialisierung in der Region
Durch die wirtschaftliche Entwicklung im nahen Jena finden zahlreiche Einwohner Arbeit in der Industrie, insbesondere bei Carl Zeiss AG. Zöllnitz wandelt sich zunehmend zur Arbeiter- und Pendlergemeinde.
1990
Deutsche Wiedervereinigung
Nach der Wiedervereinigung Deutschlands beginnt ein wirtschaftlicher und struktureller Wandel. Zöllnitz entwickelt sich zu einer modernen Wohngemeinde im Umland von Jena mit wachsender Infrastruktur und guter Verkehrsanbindung.